Concernant le campus d'Evry, l'axe majeur du plan quadriennal recherche est la génomique avec en particulier la génomique à haut-débit (présence des 3 grands outils de biologie, GENOSCOPE, CNG et Plate-forme Transcriptome du CEA),le démarrage de la thématique Complexité du vivant et la thérapie génique et cellulaire (AFM, INSERM). Ces activités sont en étroite synergie avec le GENOPOLE Evry.
Concernant le campus de Versailles, les recherches sont développées en étroite collaboration avec les laboratoires du campus INRA de Jouy et, plus récemment, avec les laboratoires de l'UFR de médecine Paris Ile-de-France Ouest, rattachée à l'UVSQ.
La biologie, et la génomique en particulier, sont pris au sens large et incluent les interfaces avec les Mathématiques, l'Informatique, la Physique et la Chimie. Ces interfaces correspondent à des activités de recherche menées dans des unités reconnues. Cette pluridisciplinarité est prise en compte dans la politique d'attribution des allocations de thèse.
La quasi totalité des équipes de recherche situées en dehors des surfaces Universitaires sont associées à des grands organismes, tels que le CNRS, l'INSERM, l'INRA et le CEA. Elles sont localisées à Evry, Versailles, Jouy-en-Josas, Fontenay-aus-Roses, Saclay, Paris, Gif/Yvette.
Cette Ecole Doctorale dispense une formation en quatre filières :
Analyse des Génomes
Biologie Moléculaire et Cellulaire des Grandes Fonctions
Interactions Hôtes-Agents infectieux
Analyse Structurale des Biomolécules
Au cours de la préparation du doctorat, chaque étudiant doit suivre en plus du module d'anglais et des doctoriales qui sont obligatoires des unités d’enseignements spécifiques à hauteur de 9 ECTS. Dans ce cadre, des Unités d'Enseignement scientifiques groupés sur quelques jours sont proposés par l’école doctorale.
Pour toutes les autres formations, les demandes de prise en compte seront étudiées au cas par cas par les directeurs de l'Ecole Doctorale.
Tutorat : au cours de ses études doctorales, l'étudiant(e) est assisté(e) et conseillé(e) dans ses travaux de recherche par un tuteur de thèse.